W listopadzie 2003 Michael Jackson wraz z Sony Records wydał składankę swoich hitów na dysku CD oraz DVD, zatytułowaną Number Ones. Zawierała ona utwory Jacksona, które dotarły na pierwsze miejsca list przebojów. Składanka sprzedała się w nakładzie 6 mln egzemplarzy na całym świecie. W dniu zaplanowanej premiery albumu, kiedy Michael Jackson znajdował się w Las Vegas, zajęty filmowaniem teledysku do "One More Chance" (jedynej nowej piosenki na Number Ones), Departament Szeryfa Santa Barbara przeszukał Neverland Ranch i wydał nakaz aresztowania Jacksona pod zarzutem molestowania dzieci. Jackson został oskarżony o molestowanie Gavina Arviso, o którym opinia publiczna dowiedziała się w tym samym roku z filmu dokumentalnego Living with Michael Jackson. 18 grudnia 2003 Jackson został postawiony przed sądem z siedmioma zarzutami molestowania dziecka i dwoma zarzutami podawania alkoholu w celu popełnienia tego przestępstwa, wszystkie odnoszące się do tego samego chłopca, mającego mniej niż 14 lat. Jackson zaprzeczył oskarżeniom, mówiąc, że nocowanie dzieci w jego domu było pozbawione jakichkolwiek aktów natury seksualnej. Przyjaciółka Jacksona, Elizabeth Taylor, broniła go w programie "Larry King Live", mówiąc, że była u Jacksona i widziała ich "w łóżku oglądających telewizję. Nie było w tym nic nienormalnego. Nie było żadnego kontaktu fizycznego. Śmialiśmy się jak dzieci i oglądaliśmy mnóstwo Walta Disneya. Nie było w tym nic dziwnego".
Proces rozpoczął się w Santa Maria w stanie Kalifornia 31 stycznia 2005 i trwał do końca maja 2005, kończąc się całkowitym uniewinnieniem Jacksona w czerwcu. Był to jeden z największych i najbardziej udokumentowanych przez media procesów w historii. Popularność Jacksona poza granicami Stanów Zjednoczonych zapewniła tłumy reporterów. W trakcie procesu do Santa Barbara zjechało również wielu fanów Jacksona; po ogłoszeniu wyroku uniewinniającego grupa 1200 z nich zgotowała Jacksonowi owację przy wyjściu z sądu.
Prokurator okręgowy okręgu Santa Barbara w Kalifornii, Tom Sneddon, podejmował dwukrotnie działania przeciwko Jacksonowi w związku z jego rzekomym molestowaniem dzieci. Pierwszy incydent z 1993 zakończył się bez postawienia zarzutów, drugi (z końca 2003) doprowadził dwa lata później do procesu. Doprowadziło to do spekulacji o osobistych motywach działania Sneddona i pragnieniu zemsty na Jacksonie. Po przegranym procesie w 2005 Sneddon ogłosił swoją dymisję 6 czerwca 2006.
Po uniewinnieniu Jackson przeprowadził się do Bahrajnu, gdzie rzekomo kupił dom członka parlamentu Bahrajnu. Jackson przypuszczalnie spędził tam czas na komponowaniu nowej muzyki, w tym singel dobroczynny przeznaczony dla ofiar huraganu Katrina, zatytułowany "I Have This Dream". Swych głosów przy nagrywaniu piosenki rzekomo użyczyli: Ciara, Snoop Dogg, R. Kelly, Keyshia Cole, James Ingram, Jermaine Jackson, Shanice i The O'Jays. Według Raymone Bain lista artystów obejmowała m.in. Mary J. Blige, Missy Elliott, Jaya-Z, Jamesa Browna i Lenny'ego Kravitza. Jako termin nagrania podano 13 września 2005, po wielu przesunięciach terminu singla jednak nigdy nie wydano. Dopiero później okazało się, że singiel nie zostanie wydany z powodu zerwania umowy przez Jacksona z wytwórnią "2 Seas Record", ponadto Michael Jackson nie poprosił o przesłanie mu jego singla i tym samym singiel pozostał w wytwórni.
10 czerwca 2005 r. została zwolniona rzeczniczka prasowa wytwórni Jacksona – Raymone Bain. Na aktualnie nieistniejącej stronie internetowej wytwórni Jacksona podano jedynie komunikat następującej treści: "MJJ Productions z przykrością zawiadamia o zwolnieniu Raymone Bain i likwidacji Bain and Associates. Dziękujemy wam za współpracę". Bain powiedziała prasie, że nie została zwolniona i że tylko Michael Jackson, a nie jego wytwórnia (kierowana przez jego brata. Randy'ego Jacksona), może ją zwolnić.