W lutym 2006 wytwórnia Jacksona wydała Visionary: The Video Singles, box zawierający dwadzieścia najpopularniejszych singli, które były wypuszczane na rynek sukcesywnie przez pięć kolejnych miesięcy. 27 maja 2006 Michael Jackson odebrał Legend Award podczas ceremonii rozdania nagród MTV Japan's VMA Awards w Tokio. Było to jego pierwsze wystąpienie publiczne od czasu uniewinnienia od zarzutu molestowania nieletniego chłopca niemal rok wcześniej. Nagroda ta była wyrazem uznania dla jego zasług dla produkcji teledysków w ostatnich 25 latach. Zaraz po ceremonii wręczenia nagród Jackson pojawił się również na SMAPxSMAP. 14 listopada 2006 Sony oficjalnie wydało box Visionary w Stanach Zjednoczonych. Michael odwiedził również londyńskie biuro Guinness World Records, gdzie otrzymał osiem nagród. 15 listopada 2006 Michael Jackson otrzymał nagrodę "Chopard Diamond Award" za sprzedaż ponad 100 mln albumów. Było to jego drugie publiczne wystąpienie od czasu procesu w 2005. Pomimo spekulacji prasy brukowej przed tym koncertem Jackson nie wykonał tam "Thrillera", natomiast dołączył do chóru, aby zaśpiewać "We Are the World". W materiale filmowym z tego wydarzenia widać Michaela wzruszonego uwielbieniem, jakie okazywała mu publiczność. Według kierownika Działu Public Relations World Music Awards, (Juliusa Justa), nagłośnienie podczas wydarzenia zostało wyciszone ze względu na późną porę. Odpowiedzialni pracownicy Earl's Court (miejsca, w którym odbywała się ta impreza) powiedzieli, że uczyniono to, aby show mógł trwać godzinę dłużej i odbywać się po godz. 11.
30 grudnia 2006, po śmierci Jamesa Browna, Jackson wziął udział w pogrzebie tego "ojca chrzestnego soulu", wśród 8 tys. zgromadzonych byli też rodzina, przyjaciele i fani Jacksona. Al Sharpton, bliski przyjaciel Browna, wygłosił na pogrzebie przemówienie, w którym oświadczył, że w ostatniej rozmowie z Brownem ten powiedział mu, że artyści tacy jak Jackson muszą dalej tworzyć pozytywną muzykę dla wszystkich ludzi.
Pod koniec 2006 pojawiło się nagranie zatytułowane "No Friend of Mine (Gangsta)". Piosenka zawiera partię wokalną Jacksona.
24 grudnia 2006 Jackson opuścił Irlandię i powrócił do Stanów Zjednoczonych, gdzie zamieszkał w Las Vegas. W rozmowach z dziennikarzami wspomniał o planach spotkań z fanami w Japonii w marcu następnego roku. Na jedno z tego rodzaju spotkań, zorganizowanych dla japońskich specjalistów od biznesu, wstęp miał kosztować 3500 dolarów. Jackson wyjaśnił powód, dla którego wybrał Japonię: "Moi przyjaciele i fani w Japonii wspierali mnie i moją rodzinę przez wiele, wiele lat".
9 marca 2007 Jackson przybył na dwa wspomniane wyżej spotkania w Japonii, gorąco witany przez setki swoich fanów na lotnisku Narita. Na pierwszym spotkaniu, na którym opłata za wstęp wynosiła 3500 dolarów, pojawiło się 400 fanów i niepełnosprawnych dzieci (które weszły za darmo). Goście mogli spędzić od 30 sekund do minuty razem z Jacksonem. Jenny Sasaki, jedna z fanek, powiedziała, że "jest to nieporównywalne do niczego wydarzenie; kocham Michaela Jacksona, jego muzykę, jego wrażliwość i dobroć". Po wielu dniach spotkań z fanami Jackson spotkał się też z blisko 3000 amerykańskich żołnierzy stacjonujących w Japonii i członkami ich rodzin, zebranymi w Camp Zama. Jackson, po uściśnięciu dłoni i podziękowaniu żołnierzom za ich służbę, przemówił do zebranych, mówiąc: "Ci z was, którzy pojawili się tutaj, są najbardziej wyjątkowymi ludźmi na świecie. To dzięki wam, którzy tu jesteście oraz dzięki innym, którzy tak mężnie oddają swe życie, by nas chronić, dzięki wam możemy cieszyć się wolnością". W obozie Jackson przybył również na ceremonię awansowania żołnierzy i przypiął do ich mundurów szpilki.
Po opuszczeniu Japonii Jackson zatrzymał się w Londynie. Po powitaniu przez fanów na lotnisku Heathrow pojechał do hotelu Carlton Towers, w którym się zatrzymał podczas tej krótkiej wizyty. W hotelu Michael zaczął rozdawać autografy, napór fanów był jednak tak duży, że wraz z dziećmi został przetransportowany w bezpieczne miejsce. Następnie powrócił do Las Vegas, na lotnisku jego fani entuzjastycznie przywitali też jego dzieci, przynosząc im kwiaty i podarunki.
W trzecim kwartale 2007 Jackson zapowiedział wydanie swojego nowego albumu. Media spekulowały na temat jego współpracy z will.i.am (z Black Eyed Peas), Teddym Rileyem, DJ Whoo Kid, Akonem, Chrisem Brownem i 50 Centem. Jackson założył The Michael Jackson Company, która miała trzymać pieczę nad jego finansami oraz wydawaniem kolejnych albumów. Jackson w ramach promocji nowej płyty planował też kolejną trasę koncertową.
11 lutego 2008 została wydana edycja specjalna albumu Thriller z okazji 25-lecia premiery albumu. Na płycie oprócz podstawowych dziewięciu utworów, znalazły się remiksy wykonane przez znane gwiazdy oraz jeden niepublikowany wcześniej utwór "For All Time". Remiks "Wanna Be Startin' Somethin' zawiera kilka sekund nowego wokalu Jacksona. 1 lipca 2008 w internecie pojawiła się piosenka "Hold My Hand", wykonywana w duecie z Akonem. Wytwórnia Akona stwierdziła, że najnowszy album muzyka jeszcze nie jest ukończony, więc nie wiadomo, czy "Hold My Hand" trafi na tracklistę oraz czy znajdzie się na singlu.
Na przełomie lat 2008/09 Michael Jackson pracował nad nowym studyjnym albumem. Na początku marca poinformował fanów, iż dokonywał już selekcji piosenek, jakie mają się pojawić na albumie, potem 13 marca 2009 roku, na O2 Arena w Londynie ogłosił, iż planuje powrót na scenę, dając serię 50 występów od 7 lipca 2009 do 6 marca 2010 roku, potem jednak olbrzymia wyprzedaż biletów tj. 11 szt. na sekundę, spowodowała przedłużenie trasy o kolejne 40 występów oraz ze względu na zaawansowaną i nowatorską technikę koncertów (22 różne rozpoczęcia występów) opóźniono występy przestawiając datę rozpoczęcia koncertów na 13 lipca 2009 aż do 10 marca 2010, z których wszystkie miały odbyć się w sali koncertowej O2 Arena w Londynie. Koncerty te, zatytułowane This Is It, miały być jego pierwszymi od trasy koncertowej HIStory World Tour w latach 1996/97. Na początku 2009 nagrał teledysk, pod roboczą nazwą "Dome Project", który miał zostać wyświetlony podczas występu na żywo w Londynie. Na połowę lipca 2009 planowane było zakończenie jego postprodukcji. Koncerty jednak nie mogły się odbyć a nowy album studyjny nie został wydany, z powodu śmierci Michaela na 3 tygodnie przed pierwszym występem. Niedługo po śmierci firma Sony z Kennym Ortegą ogłosili, że powstanie film z prób Michaela pt. Michael Jackson's This Is It, który będzie wyświetlany w kinach na całym świecie tylko przez 2 tygodnie, po 2 tygodniach przedłużono jego wyświetlanie o kolejne 3 tygodnie. Profit ze sprzedaży biletów to ok. 200 mln. $. Przed wejściem do kin, Sony także wydało soundtruck album pt.; This is it 26 października 2009 roku gdzie znalazły sie wszystkie utwory, jakie wykonywał Michael na próbach plus 1 nowy utwór nigdy nie wydany przez Michaela zatytułowany This Is It. Utwór ten został skomponowany i napisany przez Michaela oraz Paula Ankę w trakcie sesji do albumu Thriller. Album This Is It w ciągu 5 miesięcy sprzedał się w 1,754,000 kopii. Natomiast nowy studyjny album Michaela Sony oświadczyło, że wyda go w późniejszym terminie, ponieważ prace nad albumem nie zostały zakończone, i wydadzą go gdy to nastąpi. W między czasie zostało ujawnione, że Michael pracował nad dwoma albumami a nie jednym. Drugi album nad którym Michael pracował był w zupełnie innym charakterze muzycznym. Michael zaczął komponować muzykę klasyczną i istnieje tylko urywek utworu jaki został nagrany na prośbę Michaela, ponieważ nigdy nie został on ukończony z powodu śmierci piosenkarza.