W październiku 2001 Jackson wydał album Invincible, który zajął pierwsze miejsce na listach przebojów w trzynastu krajach. Invincible sprzedał się w 8 mln egzemplarzy na całym świecie. Singlami promującymi płytę były "You Rock My World", "Cry" oraz "Butterflies". Jackson wraz z 35 innymi artystami nagrał też singel przeznaczony na cele dobroczynne – "What More Can I Give", który z powodu konfliktu z Sony został wydany w nietypowy sposób, mianowicie w internecie. Aby go zakupić, należało wejść na odpowiednią stronę i za opłatą go pobrać. Singel ukazał się w dwóch wersjach językowych: angielskiej i hiszpańskiej. Tuż przed premierą Invincible Jackson poinformował prezesa Sony Music Entertainment, Tommy'ego Mottolę, że nie odnowi kontraktu; kontrakt miał wygasnąć w wypadku dostarczenia przez wytwórnię albumów z całkowicie nowym materiałem, przeznaczonych do wydania przez Epic Records/SME. W 2002 wszystkie wydania singli, zdjęcia do teledysków i promocja albumu Invincible zostały odwołane. W rezultacie Jackson oskarżył Mottolę o niewspieranie afroamerykańskich artystów i nazwał go "diabłem" i "rasistą", który używa swych czarnoskórych artystów do własnych celów. Zarzucił mu też, że Mottola nazwał Irvinga Lorenzo (Irv Gotti) "grubym czarnuchem". Sony wydało oświadczenie zaprzeczające tym oskarżeniom, wskazując na fakt, że Mottola był kiedyś mężem gwiazdy pop Marii Carey. Sama Mariah Carey, kiedy została o zapytana o te oskarżenia przez Larry'ego Kinga w programie "Larry King Live", miała do nich obojętny stosunek.
7 września i 10 września 2001 Jackson zorganizował specjalny rocznicowy koncert Michael Jackson: 30th Anniversary Special w Madison Square Garden, celebrujący 30 lat jego solowej kariery scenicznej. Później koncert wyemitowano 13 listopada 2001. W koncercie wzięło udział wielu artystów: Nelly Furtado, Mýa, Usher, Whitney Houston, Billy Gilman, Shaggy, Rayvon, Rikrok, Destiny's Child, Monica, Deborah Cox, Rah Digga, Tamia, James Ingram, Gloria Estefan, 98 Degrees, Luther Vandross, Liza Minnelli, Lil' Romeo, Master P, 'N Sync, the Jacksons i Slash.
Po atakach na World Trade Center 11 września 2001 Jackson pomógł zorganizować koncert charytatywny United We Stand: What More Can I Give na RFK Stadium w Waszyngtonie. Koncert transmitowano 21 października 2001, wśród wielu czołowych artystów był też Jackson, który w finale wykonał swoją piosenkę "What More Can I Give".
Pod koniec roku 2002 fundacja Jacksona "Heal the World" zanotowała wartość aktywów netto na poziomie 3.542 dolarów, wydatki wyniosły 2.585 dolarów (głównie na honoraria za organizację koncertów). Fundacja zawiesiła działalność w Kalifornii w kwietniu 2002, przypuszczalnie w konsekwencji niedostarczenia rocznych sprawozdań, wymaganych dla organizacji zwolnionych z płacenia podatków. Fundacja „Heal the World” dzięki Michaelowi Jacksonowi przekazała na całym świecie miliony dolarów na leczenie dzieci, na skutek zawieszenia znalazła się jednak bez środków na dalszą działalność.
W listopadzie 2002 Jackson odwiedził Berlin, gdzie odebrał nagrodę za swoją pracę charytatywną. W hotelu Adlon, gdzie przebywał, doszło do kolejnego incydentu, który ściągnął na niego krytykę mediów. Przed hotelem zgromadzili się jego fani, którzy głośnym skandowaniem wyrażali dla niego poparcie. Kiedy, według gwiazdora, poprosili go również, by pokazał im swoje dziecko, ten przyniósł swojego syna na balkon, trzymając go prawym ramieniem i jednocześnie zakrywając jego twarz kawałkiem materiału, by chronić jego tożsamość przed mediami. Jackson na moment wystawił swoje dziecko za barierkę balkonu, wciąż je trzymając. Spowodowało to później oskarżenia określające Jacksona jako niebezpiecznego dla dzieci, czemu Jackson zaprzeczył. Kiedy fani zaczęli po raz kolejny wiwatować na cześć Jacksona, ten pojawił się później tego wieczoru jeszcze raz na balkonie, tym razem z dwójką starszych dzieci. W filmie dokumentalnym Living with Michael Jackson Jackson powiedział, że media myliły się w swych komentarzach na temat jego nieodpowiedzialności wobec własnych dzieci. "Kocham moje dzieci", oświadczył w filmie, "Trzymałem syna bardzo mocno. Dlaczego miałbym zrzucać dziecko z balkonu? To najgłupsza rzecz, jaką kiedykolwiek słyszałem".
3 i 6 lutego 2003 w Wielkiej Brytanii i Stanach Zjednoczonych został wyemitowany kontrowersyjny film dokumentalny zatytułowany Living with Michael Jackson. Dokument ten zawierał wywiady z Jacksonem, które mówiły o jego życiu osobistym. Brytyjski dziennikarz Martin Bashir i jego ekipa filmowa filmowała Jacksona przez 8 miesięcy, rejestrując też jego kontrowersyjne zachowanie w Berlinie. Szczególnie jedna część dokumentu wzbudziła kontrowersje, ukazująca Jacksona trzymającego za rękę, wówczas 13-letniego, chłopca chorego na raka Gavina Arviso i przyznającego się do dzielenia z nim sypialni (jednak nie wspólnego łóżka) oraz spania w jednym łóżku z innymi dziećmi. Jackson poczuł się zdradzony przez Bashira i uznał, że film oddał zniekształcony obraz rzeczywistości. W odpowiedzi na różne spekulacje mediów wyświetlono później dwa programy specjalne: Michael Jackson: The Footage You Were Never Meant to See oraz Michael Jackson's Private Home Movies. Michael Jackson: The Footage You Were Never Meant to See, który pokazano pod koniec lutego, przedstawiał pełną wersję dokumentu Living with Michael Jackson; Michael Jackson's Private Home Movies wyemitowano natomiast w kwietniu jako 2-godzinny program specjalny z komentarzem Jacksona. Również w 2003 Jackson oświadczył, że pracuje nad Resurrection, kolejnym albumem po Invincible. Ujawniono także, że Jackson nakręcił mini-film promujący album, w którym Jackson gra zmartwychwstałego mężczyznę. W marcu 2003 wydano radiową edycję piosenki "Xscape", po którym pojawiły się głosy, że jest to pierwszy singel z nowego albumu Jacksona. Prace nad albumem zostały z nieznanych powodów wstrzymane i zamiast niego wydano składankową płytę Number Ones.